Muchos pacientes expresan su temor de experimentar efectos adversos intolerables con la medicación antiepiléptica. Hay que decir que, en general, los nuevos fármacos se toleran mucho mejor que los antiguos y se asocian a menos efectos adversos a corto y a largo plazo, por lo que la mayoría de pacientes tratados pueden llevar una vida normal. 

Los efectos secundarios más frecuentes se derivan de la acción sobre el sistema nervioso: somnolencia, fatiga, cierta sensación de mareo, cefalea…Si se va aumentando la dosis poco a poco en general estos efectos son leves y además el paciente se acostumbra con el tiempo.  

Efectos adversos graves, por ejemplo hepatitis, pancreatitis, disminución de los recuentos sanguíneos o alergias graves pueden verse asociados a algunos fármacos (sobre todo antiguos), pero son poco frecuentes.  Otros efectos metabólicos (por ejemplo osteoporosis, que se ve asociada sobre todo a la utilización de fármacos inductores hepáticos) se suelen ver durante tratamientos crónicos a largo plazo. 

Hay otros fármacos que pueden producir lentificación psicomotora (mayor lentitud del pensamiento y de reacción, dificultad para encontrar las palabras).  

Por eso se prefiere no utilizar estos fármacos, sobre todo en niños escolarizados y en personas mayores que ya puedan tener problemas de memoria. 

Algunos fármacos también pueden producir alteraciones del estado de ánimo o de la conducta. Es preferible evitarlos en pacientes que tengan una historia psiquiátrica previa. 

Un efecto adverso grave de algunos antiepilépticos es la teratogenicidad, o capacidad de producir malformaciones fetales si se toman durante el embarazo. El riesgo es mayor con algunos fármacos antiguos como el ácido valproico y depende también de la dosis utilizada. Muchos fármacos más nuevos son seguros en el embarazo y también se pueden tomar durante la lactancia. 

El epileptólogo conoce todos estos efectos secundarios, elegirá aquel con un perfil de seguridad más adecuado al paciente y le informará de todos los problemas que puedan surgir durante el tratamiento.